Como campeón defensor, Independiente clasificó directamente a las semifinales de la ahora llamada Copa Libertadores de América en 1965. En esa instancia se cruzó con un clásico rival; Boca Juniors. Aquel partido se fue al tiempo suplementario sin goles, donde el Inter metió el gol de la victoria por medio de Mario Corso en el minuto 110, dejando sin copa más importante a Independiente.
